第三方檢測機構又稱公正檢驗，指兩個相互聯系的主體之外的某個客體，我們把它叫作第三方。第三方可以是和兩個主體有聯系，也可以是獨立于兩個主體之外，是由處于買賣利益之外的第三方（如專職監督檢驗機構），以公正、權威的非當事人身份，根據有關法律、標準或合同所進行的商品檢驗活動。據悉，近期云南將扶持發展第三方檢測機構，參與食品安全監管工作。《云南省食品安全“十二五”規劃》提出，要依托現有力量，建立健全協調統一、布局合理、職能明確、技術先進、功能齊備、運轉高效的食品安全檢驗檢測體系，培育開放有序的檢驗檢測市場。
　　
《規劃》提出，增強檢驗檢測技術服務的獨立性，健全檢測機構資質認證和運營管理體系，提高檢驗結果的公信力，培育開放有序的檢驗檢測市場，促進檢驗檢測機構社會化發展。對有關部門所屬公共檢驗機構無力完成的檢測任務，采取政府購買服務的方式，擇優選擇本地或其他地方有認證資質和能力的第三方檢測機構實施。
　　
另外，針對云南省食品安全檢驗檢測能力提升，《規劃》中提出5大工程，包括：
1、檢驗檢測設備設施更新改造。建設５個以上國家級食品檢驗機構，提升省級檢驗機構的硬件配置水平，完善州(市)級檢驗機構主要產品和重點項目的檢驗能力，加強縣(市、區)級食品試驗室建設。
　　
2、檢測技術研發。著力推進食品質量安全快速檢測技術取得較大突破，完成多項污染物、添加劑、不明添加物、農獸藥殘留等檢測方法的研發，在食品危害分析和風險評估研究、食品質量安全風險分析與預警方面取得明顯進展。
　　
3、快速檢測能力改善。加強質量技術監督一線執法能力建設，裝備一批便攜、機動、快速檢測設備，實現即時定性和部分定量的檢測需要。為各縣(市、區)食品安全檢測機構配備快速檢測車和快速鑒別工具。
　　
4、進出口食品檢驗檢疫能力建設。加快進出口食品檢驗檢疫實驗室建設步伐，購置實驗室急缺儀器設備８６０臺(套)，補充更新實驗用房２６０００平方米以上。
　　
5、省、州(市)、縣(市、區)三級食品生產加工環節檢驗檢測能力提升。重點推進以食品檢驗為主的綜合檢測基地建設，提高全省質監部門食品生產加工環節檢測能力。提升國家農副產品質檢中心和國家普洱茶質檢中心能力建設，提高儀器設備配置水平。完善１６個州(市)檢測中心食品檢驗方面的分析儀器設備配備。新建玉溪、德宏綜合檢測中心。優選經濟發達、人口較多的４５個縣(市、區)建設食品檢驗機構，購置儀器設備，改善實驗室環境條件。

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